Matjaž Zajec je že med študijem novinarstva in svetovne književnosti pričel s pisanjem filmskih kritik za radijsko oddajo Gremo v kino, tekste pa je objavljal tudi v filmski reviji Ekran. Pri Ekranu je postal član uredništva in kasneje eden od ustanoviteljev Filmske avtorske skupine Ekran, ki je prva pričela z zunajinstitucionalno filmsko produkcijo. Bil je tudi glavni urednik Ekrana.
Profesionalno novinarsko pot je pričel pri tedniku Mladina kot novinar in kasneje glavni urednik, na TV Slovenija je bil urednik Otroškega in mladinskega sporeda in urednik v uredništvu Filmskega sporeda in pozneje tudi urednik tega uredništva.
Pisal je scenarije za kratkometražne igrane, dokumentarne in animirane filme, med temi najbolj izstopa dokumentarec Cukrarna; pisal je tudi scenarije za celovečerne igrane filme (Prestop) in televizijske filme (portreti Franceta Štiglica, Jožeta Babiča, Kajetana Koviča …).
S svojim pisanjem in uredniškim delom je sooblikoval slovensko filmsko krajino, s programskim delom pri oblikovanju filmskega sporeda na nacionalni televiziji pa je prispeval k širitvi filmskega obzorja slovenskih televizijskih gledalcev.